A disfunção da conectividade funcional em repouso é um fator contribuinte para a resistência ao tratamento na epilepsia. Na epilepsia resistente ao tratamento (ERT), terapias farmacológicas e não farmacológicas têm demonstrado melhorar essa disfunção. Neste estudo, nosso objetivo foi avaliar prospectivamente o efeito do canabidiol (CBD) altamente purificado derivado de plantas na conectividade funcional por ressonância magnética funcional (rs-fMRI) em repouso. Nossa hipótese foi de que o CBD poderia alterar e potencialmente normalizar a conectividade funcional em repouso na ERT. Vinte e dois dos 27 participantes com ERT completaram todos os procedimentos do estudo, incluindo rs-fMRI pré-/durante o uso de CBD (8M/14F, idade média = 36,2 ± 15,9 anos, duração da ERT = 18,3 ± 12,6 anos); não houve diferenças significativas de idade (p = 0,99) ou sexo (p = 0,15) entre os grupos. As avaliações coletadas incluíram frequência de crises epilépticas (FC), Escala de Gravidade de Crises de Chalfont (CSSS), Escala de Avaliação de Gravidade de Suicídio de Columbia (C-SSRS), Perfil de Eventos Adversos (AEP) e Perfil de Estados de Humor (POMS). Vinte e três indivíduos saudáveis (controles saudáveis) realizaram rs-fMRI e POMS apenas uma vez. Os participantes com ERT apresentaram uma diminuição média de 71,7% na FC (p < 0,0001) e melhoraram os escores de CSSS, AEP e POMS em relação à confusão, depressão e fadiga (todos p < 0,05) com os escores do POMS se tornando semelhantes aos dos controles saudáveis. Testes t pareados mostraram mudanças significativas pré-/durante o uso de CBD na conectividade funcional em repouso nas áreas do cerebelo, áreas frontais, áreas temporais, hipocampo e amígdala, sendo que algumas dessas mudanças se correlacionaram com a melhora nas medidas comportamentais. Foram encontradas diferenças significativas na conectividade funcional em repouso entre o estado pré-CBD e os controles saudáveis nas regiões do cerebelo, áreas frontais e regiões occipitais. Após controlar as mudanças na FC com o CBD, essas diferenças não estavam mais presentes ao comparar o uso de CBD com os controles saudáveis. Este estudo indica que o CBD altamente purificado modula e potencialmente normaliza a conectividade funcional em repouso no cérebro epiléptico. Esse efeito pode estar relacionado à sua eficácia. Este estudo fornece evidências de Classe III para o efeito normalizador do CBD na conectividade funcional em repouso na ERT.